总部经济区位于广州科学城科学大道，地处科学城中心区东部，西面毗邻初具规模的综合研发孵化区，总建筑面积约13万平方米。科学城总部经济区主要以吸引跨国公司、大中型企业及机构总部进驻办公为主，同时提供研发、中试、孵化、金融、展示、销售等生产服务及配套服务功能。